Daiktinių muziejinių vertybių rinkinį sudaro tekstilės, metalo, medžio, odos dirbinių, tapybos, skulptūros, grafikos kūriniai bei buvusių politinių kalinių, tremtinių, sovietinių aktyvistų, kalėjusių Kauno IX forto kalėjime tarpukariu, memorialiniai daiktai, taip pat  faleristikos, numizmatikos grupių muziejinės vertybės. Muziejaus rinkiniuose saugomos Pirmojo pasaulinio karo Rusijos imperijos, kaizerinės Vokietijos kariuomenių, sovietų armijos karių, karininkų uniformos, ekipuotė, taip pat Lietuvos kariuomenės dimisijos karininkų uniformos. Muziejaus rinkiniuose svarbią dalį užima  artefaktai, rasti atliekant archeologinius tiriamuosius darbus XX amžiaus 7–8 dešimtmečiuose Kauno IX forto masinių žudynių lauke.