Muziejaus fotografijų ir negatyvų rinkinyje saugoma daugiau kaip 30 tūkst. fotografijų, negatyvų ir fotoalbumų. Rinkinio muziejinės vertybės kaupiamos šiomis pagrindinėmis kryptimis: Pirmojo pasaulinio karo ir Kauno tvirtovės istorija, nacistinės okupacijos istorija, sovietinių okupacijų istorija, valstybingumo atkūrimo istorija ir Kauno IX forto muziejaus istorija. Ypač gausi fotografijų iš tremties ir kalinimo vietų Sibire kolekcija – jos sudaro apie 29 proc. (arba daugiau kaip 9 tūkst.) rinkinyje esančių muziejinių vertybių. Fotografijose užfiksuotas tremtinių gyvenimas, jų buitis, darbas, laisvalaikis ir tradicijos.























