1941 m. spalio 28–29 d. įvykdyta „Didžioji akcija“ – masiškiausios žudynės nacių okupacijos laikotarpiu Lietuvoje. Per vieną dieną netoli IX forto esančiame lauke sušaudyta 9200 Kauno geto žydų.
Kelios dienos prieš egzekuciją į Kauno getą atvyko gestapo karininkai ir nurodė geto Tarybai išleisti įsakymą. Pastarajame turėjo būti išdėstyta, jog visi geto gyventojai, nepriklausomai nuo jų amžiaus ir lyties, spalio 28 d. 6 val. ryto privalo susirinkti Demokratų aikštėje ir išsirikiuoti kolonomis pagal šeimos galvos darbo vietą. Siekiant nesukelti panikos, gestapininkai nuramino, kad šio visuotinio patikrinimo priežastis yra žydų darbo jėgos didinimas – sunkiai vokiečių karo reikalams dirbantys geto gyventojai ir jų šeimos gaus didesnį maisto davinį ir erdvesnius butus. Geto Tarybos narių šis tvirtinimas neįtikino. Reikalavimas atrodė nepagrįstas, be to, getą pasiekė gandai, kad IX forte sovietiniai karo belaisviai kasa dideles duobes. Vis dėlto, įsakymas gete paskelbtas siekiant išvengti griežtos bausmės.
Ankstų spalio 28 d. rytą visi geto gyventojai – apie 27 000 žmonių, ilgomis eilėmis žengė į Demokratų aikštę, kurioje buvo išrikiuoti kolonomis. Trečiojo Reicho Slaptosios policijos karininkai, tarp kurių buvo operacijai vadovavęs vyr. seržantas Helmutas Rauka, 9 valandą ryto pasirodė aikštėje. Jis atsistojo ant pakylos ir pradėjo visą dieną trukusią atranką – piršto judesiu kreipė pavienius žmones, šeimas, asmenų grupes į kairę arba į dešinę. Iš pradžių buvo neaišku, kuri pusė geroji, o kuri blogoji, tačiau netrukus žydai pastebėjo, kad į dešinę pusę nukreipiami darbui netinkami asmenys – ligoniai, senukai, daugiavaikės šeimos. Dešinėje stovėjusius žmones policija nedideliais būriais nuvarydavo į „Mažąjį getą“. H. Rauka stengėsi su visais elgtis vienodai mandagiai. Kartais dideles šeimas su vaikais siųsdavo į „gerąją“ pusę, o darbingus – į „blogąją“. Taip jis stengėsi nesukelti panikos, kad akcija vyktų organizuotai ir tvarkingai, be išpuolių ir pasipriešinimo. H. Raukos padėjėjai atidžiai skaičiavo į dešinę pusę varomus žydus. Vėlai vakare, kai H. Rauka įsitikino, kad paskirta kvota jau įvykdyta ir apie 10 tūkst. žydų jau nuvesta į „Mažąjį getą“, atranka buvo baigta. Ginkluotiems 1-ojo pagalbinės policijos bataliono kariams įsakyta saugoti pasmerktuosius, o likusiems žydams buvo leista grįžti į namus „Didžiajame gete“. Iš viso į dešinę pusę atrinkta 9200 žydų, naktį turėjusių praleisti „Mažojo geto“ teritorijoje.
Kitos dienos rytą pasmerktieji buvo išrikiuoti kolonomis ir varomi keliu, vedančiu į kalną, link IX forto. Ilga žmonių eisena nusitęsė greta „Didžiojo geto“ tvoros – Panerių gatve, netoli Varnių gatvės geto vartų kilo į Milikonių kalną.
IX forte aukos turėjo atiduoti asmeninius daiktus, viršutinius drabužius. Į griovius žydai buvo vedami grupėmis po 100–150 žmonių ir juose sušaudomi. Žudynes, SS pulkininko Karlo Jėgerio nurodymu, vykdė 1-ojo pagalbinės policijos bataliono 3-ios kuopos kariai. K. Jėgerio ataskaitoje žudynės pavadintos „geto valymu nuo nereikalingų žydų“. Iš viso buvo nužudyta: 2007 vyrai, 2920 moterų ir 4273 vaikai. Kauno gete liko gyventi apie 17 000 žmonių.