1958 m. liepos 9 d. Sovietinės Lietuvos Ministrų tarybos nutarimu, IX forte buvo įkurtas Revoliucijos istorijos muziejus. Nepraėjus nei metams, 1959 m. gegužės 30 d. įvyko muziejaus atidarymo iškilmės – keturiose buvusiose forto kamerose visuomenei pristatyta pirmoji ekspozicija apie Lietuvoje vykdytus nacių nusikaltimus. 1960 m. masinių žudynių lauke prie IX forto pradėti tiriamieji darbai, siekiant nustatyti masinių žudynių teritorijos ribas, surinkti įrodymų-eksponatų apie čia vykusias žudynes.
XX a. 7 deš. prasidėjo Kauno IX forto memorialinio komplekso kūrimas. 1966–1970 m. įvyko keturi projektinių pasiūlymų konkursai. Paskutiniame etape laimėjo Alfonso Vincento Ambraziūno, Gedimino Baravyko ir Vytauto Vieliaus projektas. Po trylika metų trukusių statybų masinių žudynių vietoje iškilo 32 m aukščio trijų skulptūrinių grupių paminklas-monumentas nacizmo aukoms atminti. Greta IX forto pastatytas naujas originalių formų muziejaus pastatas (dabar – Okupacijų ekspozicija), įrengtas parkas su pasivaikščiojimo takais. 1984 m. birželio 15 dieną visuomenei buvo iškilmingai pristatytas IX forto muziejaus memorialinis kompleksas. Jis tapo viena didžiausių paminklinių vietų visoje Europoje.
1990 m. atkūrus Lietuvos nepriklausomybę, atsirado laisvos minties raiškos galimybė – imta viešai kalbėti temomis, kurios per sovietinės okupacijos penkiasdešimtmetį buvo draudžiamos. Kauno IX forto muziejuje atsirado galimybė prabilti ne tik apie nacių, bet ir apie sovietų vykdytus žiaurumus, prisimenant 1940–1941 m. forte veikusį kalėjimą. Bėgant laikui muziejuje įrengtos naujos ekspozicijos, supažindinančios lankytojus su visais IX forto istorijos etapais.