1941–1944 

1941 metais Lietuvoje sovietinę okupaciją pakeitė nacistinė. Kauno IX fortas buvo paverstas masinių žudynių vieta. Rekonstruotoje kalinių kameroje galima išvysti žmonių kalinimo sąlygas, pamatyti forto sienose išlikusius paskutiniuosius priešmirtinius pasmerktųjų įrašus.

Šiam laikotarpiui skirtose ekspozicijose atskleidžiamas antisemitizmo įsigalėjimas Vidurio Europoje, daug dėmesio skiriama užsienio piliečiams žydams, nužudytiems Kauno IX forte. Lankytojai supažindinami su Kauno žydų geto kalinių likimais. Vienoje iš kamerų esanti ekspozicija pasakoja apie žydus gelbėjusius diplomatus – Japonijos pasiuntinį Lietuvoje Čijunę Sugiharą (Chiune Sugihara) ir Nyderlandų konsulą Lietuvoje Janą Zvartendeiką (Jan Zwartendijk). Slogią Kauno geto buitį pažinti kviečiame patyriminėje instaliacijoje „Kauno geto slėptuvė“. Kauno gete įvykdytoms masiškiausioms žudynėms atminti skirta ekspozicija „Didžioji akcija“. Čia taip pat galima sužinoti viską apie legenda tapusį pabėgimą iš IX forto.