Edukacijos ir lankytojų aptarnavimo skyrius teikia paslaugas lankytojams, formuoja muziejaus įvaizdį, populiarina veiklą, skatina domėtis Lietuvos istorija.
Kauno tvirtovės skyrius renka ir tyrinėja, moksliškai aprašo, saugo ir eksponuoja muziejines vertybes, susijusias su Kauno tvirtovės, I pasaulinio karo bei kalėjimų IX forte laikotarpių temomis.
Okupacijų skyrius renka ir tyrinėja, moksliškai aprašo, saugo ir eksponuoja muziejines vertybes, susijusias su sovietų ir nacių vykdytais nusikaltimais, lietuvių tautos genocidu, žydų holokaustu, pasipriešinimu ir tautiniu judėjimu, siekiant atgauti Lietuvos nepriklausomybę, kovotojais už laisvę.
Rinkinių apskaitos ir saugojimo skyrius užtikrina muziejaus rinkinių apskaitą, tinkamas saugojimo sąlygas ir apsaugą, jų konservavimą ir restauravimą, ekspozicinių ir parodų patalpų priežiūrą ir tvarką.